金钱龟的抗病力较强，患病较少，可如果管理不善、饲料变质以及水质长期恶臭等，也会引发某些疾病，甚至造成死亡。据观察，几种常见病有：
1、溃疡病为常见的一种皮肤病，多为磨破或长期生活在阴湿环境中，由细菌感染所致。防治方法：保持水质清洁，饲养场要有阳光照射，经常清洁龟窝并进行消毒。将患处擦干水分，用饱和的高锰酸钾涂患处，5分钟后，用水洗干净，日涂一次，数日即可痊愈。也可用碘酒或抗生素软膏涂擦，效果也好。
2、瘫痪病病龟离群独居窝外，四肢软瘫无力，头不时仰天，眼睁不开，处于瘫痪状态。严重的数日死亡。防治方法：保持池水清洁，投喂新鲜饲料，病龟及时隔离，饲养池用10×10-6漂白粉溶液消毒。
3、感冒和肠胃病如患感冒可一次性肌肉注射庆大霉素，每次注射量为人体的1/6，连用2-3天为一疗程；如患肠炎，可按每公斤金钱龟用土霉素片0.2克，或痢特灵片0.1克拌饲料喂，连用3天为一疗程，效果较好。
4、寄生蜱螨寄生于龟体柔软部分，如眼、指(趾)间及其皮肤，吮吸龟血，严重影响龟的健康生长。防治方法：清洁龟窝及水池。
5、敌害小头蛇食龟卵，咬破卵壳，吞食卵的内容物，危害甚大。蚂蚁咬死刚孵化的幼龟。冬眠中的龟会被老鼠咬伤或咬死。防治方法：做好灭鼠、灭蛇、灭蚁工作，减少其危害，保护幼龟正常生长。
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