球虫可降低动物的生产性能，并引起死亡。已知感染鸡的艾美尔球虫有9种，其中我国以柔嫩艾美尔球虫、毒害艾美尔球虫和巨型艾美尔球虫的发病率最高。
肉鸡球虫病的控制。目前，集约化肉鸡生产场是在肉鸡整个生长期中使用抗球虫药物。这是因为肉鸡的生产周期短，不可能依靠肉鸡对球虫病的免疫力来防病。在不到2个月的生长周期，要控制肉鸡球虫病，其根本措施是在饲料中不间断地添加抗球虫药物。
种鸡和产蛋鸡球虫病的控制。种鸡和蛋鸡的生长周期长，在饲料中长期添加药物不实际，从安全和经济方面考虑，建立和维持鸡群对球虫病的自然免疫力是比较合理的。目前，有3种方法可供选择：一是在饲料中加入一种抗球虫药物，连续应用14个星期，使鸡在此条件下接触一定量的球虫卵，以刺激机体产生免疫反应。这是目前实践中最常用的方法。但此方法的用药浓度较低，不能将球虫完全杀死，所以容易使那些接触了药物而继续生存的球虫有机会产生耐药性。二是在产蛋鸡的生长期饲料中不加抗球虫药物，当鸡群发生球虫病时，使用对球虫生活周期后期有效的磺胺类药物，使绝大多数鸡得救并同时产生免疫力。当然，采用这种方法使机体产生免疫力有一定的风险性。三是免疫接种法。即在3～5日龄鸡的饲料和饮水中，加入几种一定数量有活力的球虫卵囊，使机体产生免疫力。同时，采用预防剂量的抗球虫药进行控制。因为接种量难以确定，操作难度大，目前还不可能得到全面推广。
球虫病暴发控制。当鸡场暴发球虫病时，必须选择作用于球虫生活周期后期的抗球虫病药物——磺胺类药物。每1000升饮水添加300克磺胺氯吡嗪钠。每100千克饮水添加磺胺嘧啶钠100克、乳酸甲氧苄啶20克，连用3天。每吨饲料添加磺胺对甲氧嘧啶或磺胺磺胺间甲氧嘧啶500克，甲氧苄啶100克，连用3天。治疗时，可在饲料中添加维生素k，以防止胃肠道出血反应。
球虫病预防用药。各种药物每吨饲料的添加量：盐霉素60克、甲基盐霉素60～80克、拉沙洛西75～125克、马杜霉素5克、海南霉素5～7克、地克珠利1克。以上药物的用量为单独添加的剂量。
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