一、从菌种自身特点上区分
在目前应用的主要菌种中，乳酸杆菌属和粪链球菌属为肠道正常存在的微生物，属于厌氧性微生态制剂，正常畜禽肠道厌氧菌占99%。在所有国内生产的微生态制剂中，乳酸菌没能成为主推菌种的原因是，乳酸菌包被问题不能解决，乳酸菌的存活率低。瑞士百福门公司生产的赐美健系列属于四层包被微生态，适度条件下，年菌种死亡率不超过10%，属于畜禽饲养中首选最佳微生态产品。
而芽孢杆菌具有较高的蛋白酶、脂肪酶和淀粉酶活性，对植物性碳水化合物具有较强的降解能力。并且芽孢杆菌在颗粒料、粉料的加工过程中以及通过酸性及碱性环境的过程中具有较高的稳定性，在肠道环境中只发挥以上作用而不增殖，符合微生物添加剂的条件。
二、从菌种与培养基分离与否上区分
国外微生态制剂赐美健，菌种与培养基分离，并四层包被。水溶但不堵塞饮水器，在肠道中繁殖速度快，适宜于饮水使用，多应用于5-8日龄雏鸡建立正常菌群时期；7-9日注射新城疫疫苗、13-15日龄注射法氏囊疫苗免疫前后；肠道疾病康复后恢复肠道菌群；不明原因的生产性能、采食量下降等。所以进口的乳酸菌多用于阶段性改变生产性能时泡水使用。
酵母菌、芽胞菌国内的发酵技术较为成熟，并不做细菌、培养基分离，成本相对较低。但因为肠道繁殖机率低，所以相对要求每克菌数含量大且存活率高。芽胞菌的耐热性能也确定了国内芽胞菌可以通过饲料添加使用的方案。
三、从生产的实际需求上区分
肉鸡：5-9日龄、13-16日龄、肠道疾病恢复期、不明原因的采食量下降、鸡雏生长势态不明显等时期，可阶段性投用效果快、使用方便的泡水剂型赐美健，效果明显；平常可一直在饲料中半剂量或更低剂量添加芽胞菌、酵母菌等。
蛋鸡：饮水型赐美健的使用方法接近于在肉鸡上的使用，长期在蛋鸡饲料中添加微生态制剂更加必要，这对于生产性能的稳定发挥有较大的效果保障。应强调的是一定使用质量全流程控制的合格微生态产品。
猪：因猪有较长的肠道，若想提高猪的饲料转化效率，全程添加微生态制剂更加必要。所以在猪的全程饲养上添加微生态制剂，减少促生长抗菌素的使用，对于生产合格的猪肉产品来讲，微生态占据优势。
鸭：鸭对微生态制剂的需要越来越突出，微生态制剂在提高鸭生产性能的效果上无需置疑。
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