误区一：
未发生疫病可以不进行消毒
消毒的主要目的是杀灭传染源的病原体，疫病发生要有三个基本环节：传染源、传播途径、易感动物。在畜禽养殖中，有时没有疫病发生，但外界环境存在传染源，传染源会释放病原体，病原体就会通过空气、饲料、饮水等途径，入侵易感畜禽，引起疫病发生。如果没有及时消毒、净化环境，环境中的病原体就会越积越多，达到一定程度时，就会引起疫病大发生。因此，未发生疫病地区的养殖户更应进行消毒，防患于未然。
误区二：
消毒前，环境不进行彻底清除
由于养殖场存在大量的有机物，如粪便、饲料残渣、畜禽分泌物、体表脱落物，以及鼠粪、污水或其它污物，这些有机物中藏匿有大量病原微生物，这会消耗或中和消毒剂的有效成分，严重降低了对病原微生物的作用浓度，所以说，彻底清除是有效消毒的前提。一般要经过清扫（为防止尘土飞扬，事前可用消毒水喷洒一遍）、冲洗（包括禽舍的冲洗、设备及饲养用具的清洗）、然后再进行消毒。
误区三：
已经消毒畜禽就不会再发生传染病
尽管进行了消毒，但并不一定就能收到彻底的消毒效果，这与选用的消毒剂品种、消毒剂质量及消毒方法有关。就是已经彻底规范消毒后，短时间内很安全，但许多病原体可以通过空气、飞禽、老鼠等媒介传播，养殖动物自身不断污染环境，也会使环境中的各种致病微生物大量繁殖，所以必须定时、定位、彻底、规范消毒，同时结合有计划地免疫接种，才能做到养殖动物不得病或少得病。
误区四：
消毒剂气味越浓，消毒效果越好
消毒效果的好坏，主要和它的杀菌能力、杀菌谱有关。目前国际上一些先进的、好的消毒剂是没有什么气味的，如聚维酮碘、聚醇醚碘、过硫酸盐等；相反有些气味浓、刺激性大的消毒剂，存在着消毒盲区，且气味浓、刺激性大的消毒剂对畜禽呼吸道、体表等有一定的伤害，反而易引起呼吸道疾病。
误区五：
长期固定使用单一消毒剂
长期固定使用单一消毒剂，细菌、病毒也可能对此会产生抗药性；同时由于杀菌谱的宽窄，可能不能杀灭某种致病菌，使其大量繁殖，对消毒剂也可能产生抗药性，因此最好用几种不同类型的消毒剂轮换使用。
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