新浪财经讯，2006年11月8日，日本农林水产部、厚生劳动部发表声明，日本进口的美国牛肉中查出了9公斤含有胸腺的牛肉。而根据日本的规定，含有胸腺的牛肉是禁止出口到日本的。虽然胸腺并不是BSE(疯牛病)的危险部位，但是日本决定暂时停止进口美国最大的肉食加工公司——SWIFT公司位于科罗拉多州的工厂出产的牛肉。日本在2006年7月27日对美国进口牛肉解禁，但是刚刚3个多月后又再次发生了这场风波。对此，日本一方强烈谴责美国一方的管理不够完善。正在巴黎进行访问的日本农林水产大臣松冈对美国的出口管理体制表示
 
了强烈的批评，他表示“希望美国一方能够对出口牛肉进行更加严格的管理。美方应对出产此次含有胸腺牛肉的工厂进行严格调查，确保工厂的安全性。”

　　日本曾是美国牛肉的第一大国外市场，每年进口的美国牛肉总值高达14亿美元。但是在2003年底美国发现了境内的第一例疯牛病之后，日本随即禁止进口美国牛肉，理由是美国没有像日本那样对所有进入市场的食用牛进行疯牛病感染检查。2005年12月日本政府决定有条件地恢复进口美国牛肉，日本进口的牛肉必须具备以下条件：必须是20个月以内大的牛，牛肉必须剔除脑、脊髓等危险部位；美国从事肉食生产和屠宰处理的农户和厂商以及从事牛肉进出口业务的公司必须得到政府的认可。日本农林水产省将随时抽查牛肉出口企业是否严格执行出口条件。然而在此一个月之后，2006年1月20日,因为发现从美国进口的牛肉中混有脊柱等疯牛病病原体容易聚积的危险部位,日本政府立即宣布全面停止进口来自美国的牛肉。